Arrays |
Digital PCR – Solid-phase PCR – DNA microarrays
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Kompetenz
In einem interdisziplinären Team werden verschiedene
array-basierte Systeme für die Nukleinsäurediagnostik entwickelt. Ein
gewünschtes Array wird durch Oberflächenmodifikation unterschiedlicher Materialien realisiert. Auf solchen Arrays werden
Nukleinsäurefragmente mittels biochemischer Verfahren in speziellen
Ausprägungen (Digitale PCR, Festphasen PCR, Kleinstvolumige PCR etc.)
identifiziert.
Anwendungsbeispiele
Nachweis einzelner Moleküle mittels digitaler PCR: Bei diesem patentierten Verfahren generieren einzelne DNA-Moleküle diskrete Signale. Über einfaches Auszählen der Signale kann die Menge verschiedener DNA-Sequenzen exakt quantifiziert werden.
- Herstellung von Gesamt-Genom-Arrays als molekular identische Kopien eines kommerziellen Sequenzierchips: Mit einem patentierten biochemischen Kopierverfahren werden Arrays aus natürlicher DNA in hoher Qualität hergestellt.
- Bestimmung klinisch relevanter Parameter nach einem patentierten universellen Detektionsmechanismus auf DNA-Mikroarrays: Dieser ermöglicht die Durchführung unterschiedlicher Panels auf einem einzigen generischen Array.
Projekte und Fördergeber
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UniSond – Universelle Plattform für Nukleinsäure-basierte in vitro Diagnostik – BMBF 01.08.2011 – 31.07.2014
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Mediator Sonden Technologie – DFG Sachbeihilfe 01.12.2011 – 30.11.2013
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ANGELab – New Genetic LABoratory for non-invasive prenatal diagnosis – EU FP7 01.09.2012 – 31.08.2016
Team
Dr. Michael Lehnert, PostDoc
- Martin Trotter, Doktorand
- Simon Wadle, GL
Wichtigste Publikationen
- J.Hoffmann, H.M.Trotter, F.von Stetten, R.Zengerle and G.Roth: Solid-phase PCR in a picowell array for immobilizing and arraying 100,000 PCR products to a microscope slide, Lab Chip, 2012, DOI:10.1039/C2LC40534B.
- J.Hoffmann, S.Hin, F.von Stetten, R.Zengerle and G.Roth: Universal protocol for grafting PCR primers onto various Lab-on-a-Chip substrates for solid-phase PCR, RSC Advances, 2012, 2, 3885-3889.
- J. Hoffmann, S. Hin, F. von Stetten, R. Zengerle, and G. Roth: Fabricating DNA microarrays by copying a next generation sequencing chip, 16th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences, 2012
- J.Hoffmann, H.M.Trotter, F.von Stetten, R.Zengerle and G.Roth: Proceedings of the 15th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences, 2011, 900-902.
- J. Hoffmann, S. Hin, F. von Stetten, R. Zengerle, and G. Roth: Enabling DNA-microarrays in polymeric Lab-on-a-Chip substrates for multiplexed target analysis via solid-phase PCR, Proceedings of the 15th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences, 2011, pp. 1840-1842.
[vollständige Publikationsliste]